تبدأ القصة عندما يبحث جلجامش عن أوتنابشتم، الإنسان الوحيد الذي منحته الآلهة الخلود. يروي أوتنابشتم للملك قصته مع الطوفان:

• قرار الآلهة: قرر الإله إنليل ومعه مجمع الآلهة إغراق البشرية بسبب ضجيجها وكثرتها التي أزعجت الآلهة.

• التحذير والبناء: الإله إيا، إله الحكمة والماء، خالف القرار، فحذّر أوتنابشتم (ملك شوريباك التقي) من الطوفان عبر حلم أو من خلال جدار من القصب، وأمره ببناء سفينة ضخمة مربعة الشكل مطلية بالقار والزفت، وأن يجمع فيها “بذرة كل الكائنات الحية” مع عائلته وعدد من الحرفيين.

• الطوفان والنجاة: استمر المطر ستة أيام وست ليالٍ حتى غطت المياه الجبال. وفي اليوم السابع، هدأت العاصفة واستقرّت السفينة على جبل نصير. أطلق أوتنابشتم طيورًا ليعرف إن كانت الأرض قد جفّت، فعادت الحمامة والسنونوة، بينما لم يعد الغراب، فخرج وقدم قربانًا للآلهة.

• الجزاء الإلهي: غضب إنليل من نجاته، لكن إيا وبّخه، ومنحت الآلهة أوتنابشتم وزوجته الخلود الأبدي مكافأة لهما.