يعود تاريخ عماره بالحجارة الصخرية المتداخلة الى القرن الحادي عشر لتشكل غرفه تجاويف داخل الصخر. سكنه بين القرنين الخامس والسادس الموارنة والنساك والرهبان الأرثوذكس حتى نهاية القرن التاسع عشر. وقطنه أيضاً البطريرك أرميا الدملصاوي “… ورسمني سيّدنا مار بطرس بطرك الموارنة مطراناً على دير كفتون… وبقيت فيه أربعة سنين…وكان سكان هذا الدير الراهب حزقيال وأشعيا ودانيال والراهب يشوع ورفيقه إيليا والراهب داوود واثنان وثلاثون راهباً آخرون…”
بعد مئة عام من الإهمال قطنه في 11 آب عام 1977 راهبات الروم الأرثوذكس فاستلمنه خالياً كونه تعرض عام 1970 للسرقة، وعمد مجهولون الى إحراق الكتب والمخطوطات. رمّم حديثاً بإسهام المطران جورج خضر، فازدانت أقسامه وأقبيته المصلّبة والبرميلّية وقناطره المتناسقة
