قامت كنيسة القديس يوحنّا مُرقس على أنقاضِ هيكلٍ وثني، وتَهَدَّمَت إثر زِلزال دَمَّر المدينة فيلعام 555.

مع وصول الصليبيين إلى الساحل اللبناني ودخولِهم مدينة جبيل في عام 1104، باشروا ِبتَنظيم الإدارة وإقامة القِلاع والحُصون والأسوار والكنائس… من بَينها كنيسة مار يوحنّا مُرقس، اذ يرجح أن تاريخ بدء تشييدها يعود إلى عام 1115، ولكنها تَعَرَّضَت لزِلزال آخر دَمَّرَها جزئياً عام 1170، فأعاد ترميمَها الصليبيون.

في العام 1302، سَقَطت مدينة جبيل تحتَ سَيطرة المَماليك وبقيت ِتلكَ الفترة قاتمةً وغامضة…وتلاها الحُكم العثماني في القرن السابع عشر حيثُ حُوِّلت الكنيسة الى إسطبل.

في القرن الثامن عشر عام 1764، سَلَّم الأمير يوسف شهاب الرهبانية المارونية، وَقفيّة خرائب كنائس مدينة جبيل (مار يوحنّا مُرقس، سيّدة ماريتيم، سيدة البوابة… )، فَعَمدَت الرهبانية  ترميمها.

عام 1857، أُعيد جَرس الكنيسة الى قبته، بعد أن سَمح السُلطان العُثماني بإعادة الأجراس الى الكنائس. وعام 1947 تم بناء قبة  جديدة للجرس، كما تم منذ عام 2000 ترميمها من جديد لتتزين اليوم بحلة مميزة.